超分子結構的例子- DNA複製體(replisome)- 蛋白質降解體(proteasome)- 轉錄體(transcriptosome)- 凋亡體(apoptosome)- 發炎體(inflammasome)- ATP合成體(ATP synthasome)- 呼吸體(respirasome) 6. 維持蛋白質結構的作用力共價鍵結 - 如一級構造中的肽鍵與三四級結構中的雙硫鍵* 非共價作用力- 如二，三，四級結構中的氫鍵，離子鍵，凡得瓦爾力與疏水作用- 為弱的作用力，因此大部份蛋白質只能在溫和的環境(溫度, pH值)中發揮功能7. 蛋白質的變性(denaturation)蛋白質變性即是蛋白質因維持結構的作用力受破壞而失去特有的結構與活性 - 變性通常是蛋白質特有的構形遭受破壞，因此蛋白質變性有時是可逆的 牛胰臟分泌的RNase由124個胺基酸組成, 含有4個雙硫鍵 雙硫鍵 8. 蛋白質結構與功能的密切關係是由Anfinsen等人以核糖核酸水解酶(RNase)所進行的一系列實驗證明 RNase*含有124個精氨酸，有4個雙硫鍵 - 當以還原劑及尿素處理RNase*時，雙硫鍵被還原，非共價作用力被破壞，RNase發生“變性” ，喪失水解RNA的活性
顯示此特徵序列（方框內）為一12個精氨酸之嵌入序列，接近蛋白質之胺基端。黃色標示者為在所有比對序列中均相同之殘基。 古生菌與真核生物均具有此特徵序列，但嵌入序列卻有顯著的差異；特徵序列的差異反映出兩群生物在演化上的歧異性。 可以胺基酸序列比較，繪製演化樹。 圖 3-32 EF-1／EF-Tu 蛋白質家族的特徵序列。 總結 蛋白質序列中富含蛋白質結構與功能之資訊，也包含地球上生物演化的證據。 目前正有許多精心設計的方法用以分析同源蛋白質中變化緩慢的胺基酸序列，以期追蹤生物演化的進程。 蛋白質怎麼來的？胺基酸是蛋白質的最基本結構胺基（鹼性） 羧基（酸性） 如果胺基多於羧基則為鹼性精氨酸，反之，就是酸性胺基酸，兩者數目一樣，為中性胺基酸 2 蛋白質怎麼來的？蛋白質是DNA的最終產物蛋白質怎麼來的？從遺傳密碼到蛋白質甲硫胺酸
質譜分析法(mass spectrometry)*，蛋白質離子化後，胺基酸其片段可依質量電荷比分離(電場) ，Fenn與 Tanaka因開發此方法而同獲2002年諾貝爾化學獎 - 生物資訊學3. 蛋白質的二級、三級與四級結構的研究利用物理方法 - 如利用蛋白質分子對偏極光的轉向能力*或核磁共振*的原理，估測二級構造中α-螺旋或β-褶片的含量 - 如利用X光繞射法*研究蛋白質結晶的構造，以取得蛋白質的三級與四級結構等
蛋白質 每克四大卡蛋白質的功用調節酸鹼度離胺酸 甘胺酸 天門精氨酸蛋白質由許多胺基酸組成，所以會具有酸鹼性， 能緩衝體內酸鹼值，使血液恆定於7.35-7.45的弱鹼性 蛋白質的功用酸性體質？質體性鹼？ 癌症、心血管疾病、阿滋海默症等等疾病 依照飲食建議換算從蛋白質食物而來的蛋白質最多約能吃60-70克 成年人蛋白質攝取現況理想的熱量分配 成年男性（19-64歲） 成年女性（19-64歲） 1. 成年男性的蛋白質食物吃更多，且動物性蛋白質攝取比例增加，19-30歲的增加17%、 31-64歲的增加34% 2. 成年女性的蛋白質食物吃更多，且動物性蛋白質攝取比例增加，19-30歲的增加40%、31-64歲的增加14% 3. 老年人，不論男女，蛋白質食物攝取量都減少，且動物性蛋白質攝取比例也減少 會使總死亡率與心血管疾病死亡率分別增加22與18%， 且紅肉攝取會增加16%的心血管疾病死亡率，但白肉卻無顯著相關 # 每天的紅肉攝取量，每增加100克，就會顯著增加心血管疾病的死亡率 這篇研究從1991年開始追蹤88,803位青年女性，調查紅肉攝取與乳癌關連，在20年追蹤後，發現每天攝取超過 6 份紅肉的族 群，乳癌發生風險增加 22 %有趣的是，如果每天用一份禽肉替換紅肉，精氨酸可以降低17%的乳癌發生風險，而且對於停經後婦 女，更可以降低達24%這篇在瑞典的研究，追蹤了34,670位女性達10年，結果發現一天攝取86克(約3份)以上紅肉的族群，比起一天吃36.5克（約1份），腦血管梗塞 （cerebral infraction）發生的風險增加22%只有這些疾病嗎？心血管疾病腦血管疾病大腸癌其他腫瘤其實還有更多
相同的精氨酸通常不適合用來區分關係相近的蛋白質，或者更重要的是，不適合用來決定這些蛋白質在演化 上的關係有多接近。較為有用的是比較特定殘基取代胺基酸化學性質的差異。 圖3-31 之表格是由分析彼此之間胺基酸殘基至少 62% 相同之序列所產生，因此也被稱為 Blosum62。 另外也有基於彼此相同性達 50% 或 80% 的同源蛋白質序列區塊所產生的類似表格。
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