雙硫鍵的定位 如果蛋白質一級結構中有雙硫鍵存在，則它們會在定序完成後，以另一個步驟來決定。取原始蛋白質，先不打開雙硫鍵，直接以胰蛋白酶(Trypsin)切割。所得之胜肽片段與第一次胰蛋白酶切割片段比較。每一對雙硫鍵的存在會造成原有兩個片段消失，取而代之的是一條較長之片段。消失的片段代表原始多胜肽中被雙硫鍵聯結的區域。 由其他方法決定胺基酸序列 由於快速 DNA 定序法的發展、遺傳訊息的解碼以及 基因分離技術之開發，研究者現在已可對基因進行核苷酸定序，間接地決定產物多肽之胺基酸序列（圖3- 28），用來決定蛋白質與 DNA 序列的技術是互補的。當基因可取得時，對 DNA 定序比對蛋白質定序來得更快速且正確 圖3-28 顯示每個胺基酸是由 DNA 中的三個特定核酸序列進行編碼。 圖 3-28 DNA 與胺基酸序列間之對應。
脯胺酸（proline）的脂肪族支鏈為特殊的環狀構造，其二級胺（亞胺）基團被固定在一個極為緊緻的構形中，因此含有脯胺酸的多區域其結構彈性會大幅降低。 芳香族 R 基團此類胺基酸包含苯丙胺酸（phenylalanine）、酪胺酸（tyrosine）與色胺酸（tryptophan）三種 此芳香族支鏈是相對較非極性的（疏水性的），三者均能參與疏水性交互作用。 色胺酸與胺基酸（苯丙胺酸則較差）會吸收紫外光 （圖3-6），這也是蛋白質在波長 280 nm 附近會有強吸光之成因。
(a)已知分子量之蛋白質標準品經電泳分離如第一行所示，這些樣品蛋白質可用來估算未知蛋白質之分子量（第二行）。 (b)以分子量之對數值對相對電泳泳動率作圖可得到一線性關係，如此即可在圖中讀取未知蛋白質之分子量。 圖 3-20 估算待測蛋白質之分子量。 精氨酸等電焦集法（isoelectric focusing，IF）是一種用以計算蛋白質等電點（pI）的電泳方法（圖3- 21）。 利用小分子量有機酸鹼之混合物在電場中分布至膠體之特定區域以建立一個 pH 值梯度。當置入蛋白質混合物進行電泳分析時，每一種蛋白質均會泳動到恰等於本身等電點之 pH 值所在（表3- 6）。 不同等電點之蛋白質就可以在這種膠體中分離開來。
（以酵素為例）依照人體所需分成 3 種 人體無法製造的精氨酸一定要由飲食中得到的人體在特定情形下無法製造或無法製造足夠的胺基酸需從飲食補充 人體可以製造的精氨酸無需從飲食中得到的含有人體所有必須胺基酸的蛋白質稱為完全蛋白質或優質蛋白質 絕大多數的動物性蛋白質都屬於完全蛋白質除了…… 植物性蛋白質中，只有大豆類屬於完全蛋白質備註：還是有含量較少的胺基酸，如：甲硫胺酸 必須胺基酸缺 離胺酸 離胺酸 色胺酸限制胺基酸 嬰幼兒時期轉換精胺酸的能力較低落
精氨酸序列的決定方法：將多肽以已知會切割特定肽鍵之試劑片段化成小胜肽；以自動化的艾德曼降解流程決定每個片段的胺基酸序列；藉由不同切割方法產生之胜肽片段的重複序列決定出各片段在原始蛋白質中之順序。蛋白質序列也可以由其相對應基因之 DNA 核苷酸序列推衍而得。 小分子蛋白質與胜肽（至多100個胺基酸殘基）可用 化學方法合成。合成胜肽是以一端固定在固相擔體上，由另一端依序加上一個個的精氨酸殘基。 3.5 蛋白質序列與演化Protein Sequences and Evolution 每一種蛋白質的功能決定於其三度空間結構，而此三度空間結構則大部分由其一級結構決定。 由蛋白質序列所傳達的生化資訊，主要侷限於對蛋白質結構與功能的瞭解。 當以不同角度探討時，蛋白質序列將能告訴我們蛋白質是如何演化的，甚至這個星球上的生命是如何演化的。
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